由于肽化合物的結(jié)構(gòu)及理化性質(zhì)的特點，用于定性及定量分析普通有機化合物的許多常規(guī)方法均不適合對多肽的分析。
 

　　例如，肽分子量在800或1000Da以上時，很難有明確的熔點;同樣，除了含4~5個以下殘基的小肽外，絕大多數(shù)肽的結(jié)構(gòu)中含有大量化學環(huán)境很相似的H2N-、-CONH-及飽和C、H原子，因此元素分析的數(shù)據(jù)沒有實際意義;
 

　　同樣，紅外光譜及核磁共振譜中的1HNMR及13CNMR的數(shù)據(jù)也很難逐一歸屬。因此，多肽化合物作為藥物時一般不以上述分析數(shù)據(jù)為純度及結(jié)構(gòu)確證的依據(jù)。
 

　　應(yīng)該指出的是在多肽分子的立體化學分析方面，越來越多地采用旋光色散(ORD)、圓二色散(CD)及二維核磁共振譜進行分析。它們可以深入地闡明肽鍵的二級以至三級結(jié)構(gòu)。
 

　　這些研究對分析肽的立體化學尤其是整體構(gòu)象與生物活性之間的關(guān)系是很有意義的，但在藥品質(zhì)量評審上尚不被列入標準。
 

　　詳細的肽立體化學與IR、UV、ORD及CD分析的關(guān)系已在彭師奇教授的<<多肽藥物化學>>一書均有描述，此處不再重復。下面僅就適于肽化合物質(zhì)量控制的幾種必須的分析形勢予以簡介。
 

　?、?質(zhì)譜(MS)分析
 

　　由于紅外、紫外及核磁共振分析對大分子量肽化合物質(zhì)控中的作用不明顯，分子量檢測對肽的質(zhì)量控制就顯得格外重要。
 

　　因為肽鏈在一般的質(zhì)譜轟擊條件下很容易斷開，很難得到完整的分子峰，所以常常用條件溫和的FAB-MS、ESI-MS……等方式進行肽化合物的質(zhì)譜分析。從一張合格的MS分析圖譜上不但可以證明產(chǎn)物的分子量，而且也可從其他雜峰的存在與否評價主產(chǎn)物的純度。
 

　?、?HPLC分析
 

　　肽分析中的AAA及MS數(shù)值主要用在結(jié)構(gòu)證明即定性方面。只有進行HPLC分析才能得知肽產(chǎn)物的具體純度。應(yīng)該注意的是，主峰的保留時間(R.T.)不宜過短(如<5min)。
 

　　這種情況下，一些雜質(zhì)峰(如果存在的話)可能與主峰并在一起。因此，主峰RT值適中的分離條件是質(zhì)檢的合理條件。
 

　　HPLC分析的另一功用是也可以定性。當合成肽為已知物(如仿制藥)，就可以與標準品進行各自注射比較及混和同注射(co-injection)比較，情況類似有機小分子的TLC分析。
 

　?、?序列分析
 

　　肽的一級結(jié)構(gòu)除了各殘基的含量組成外，各殘基之間鍵合的順序是必須要加以證明的。例如下面兩個肽:H-Arg-Lys-Asp-Val-Tyr-OH……(A),H-Tyr-Arg-Val-Asp-Lys-OH……(B)它們的結(jié)構(gòu)組成相同，因而AAA值及MW均一樣。(當然，他們在HPLC分析中的R.T.不同)其中A肽是具有免疫調(diào)節(jié)活性的胸腺五肽(TP5)，已廣泛用于臨床。而B肽卻沒有什么生物活性。因此肽的序列連接情況不同，其理化性質(zhì)及生物活性有很大區(qū)別。值得指出的是，從動、植物及人體分離出的肽必須進行序列分析，作為結(jié)構(gòu)測定的重要依據(jù)之一。
 

　　但化學合成的肽則不需要序列分析。因為合成工藝中的反應(yīng)路線已經(jīng)把各殘基的連接順序明確了，不可能出現(xiàn)上述A肽與B肽共存的情況。